Evidencias a favor de la evolución

A día de hoy, poseemos abundantes pruebas a favor de la teoría de la evolución. Éstas se consiguen de varias maneras como la observación de los cambios que se producen en las especies (pruebas biológicas), o mediante el estudio del registro fósil (pruebas paleontológicas), de la forma de los distintos seres vivos (pruebas morfológicas),  del desarrollo de las fases de los embriones (pruebas embriológicas), de la distribución de las características de lo seres vivos por la geografía terrestre actual (pruebas biogeográficas),de las moléculas que forman a los seres vivos y los procesos moleculares de estos (pruebas moleculares), ...
Así pues, en el resgistro fósil, se encontró una especie que nos permite estudiar la transición entre dinosaurios y aves: el archaeopteryx. Es un género de aves que vivió en el Jurásico Superior, donde hoy día se sitúa Alemania. Estos especímenes medían tan solo 35 cm. Se parecen a un dinosaurio terópodo, y presentan rasgos propios de este grupo: una larga cola ósea, garras en los dedos y dientes en las mandíbulas. Sus alas son muy similares a las de un pájaro moderno, ya que sus plumas eran asimétricas, y las de su cola muy gruesas. Es el perfecto ejemplo de forma transicional entre los reptiles y las aves.
Algunos de los especímenes fueron inicialmente clasificados como terópodos, hasta que se observó en ellos la presencia de plumas. En opinión de la mayoría de los paleontólogos, la posesión de plumaje convierte a los archaeopteryx en aves. Su edad le otorgaría el estatus de ave más antigua que el ser humano conoce. En 1984, Sankar Chatterjee descubrió fósiles que anunció, ya para 1991, que pertenecían a un ave extinta más antigua que los archaeopteryx, el Protoavis. No obstante y debido a la deficiente conservación de los restos fósiles, dicho género es considerado por algunos como una quimera.
El origen de las plumas constituye un misterio que los archaeopteryx no ayudan a resolver, pues las suyas son completamente modernas. Sin embargo, se conocen varios dinosaurios celurosaurianos, estrechamente emparentados con los arqueópterix. Algunos de ellos también presentan plumas (como las descubiertas en el velocirráptor en el 2007) y otras fibras de estructura más sencilla o protoplumas. Los dinosaurios emplumados confirman que las plumas se originaron antes que las primeras aves como los archaeopteryx. Las plumas, al igual que los pelos y las escamas reptilianas, están formadas por una resistente proteína llamada queratina. Esto ha hecho suponer durante mucho tiempo que la pluma procede de una escama "mellada". Actualmente las pruebas genéticas, paleontológicas y embriológicas favorecen otra explicación distinta que se debe a Prum y Brush: las plumas proceden de estructuras huecas y cilíndricas semejantes a espinas.

Otra especie encontrada en el registro fósil fue el Mesohippus: es un género extinto de mamíferos perisodáctilos de la familia Equidae que vivieron hace aproximadamente 40 millones de años, en el Oligoceno Medio, del tamaño de una gacela, que tenía sólo 3 dedos en las patas delanteras y que ya presentaba pies con forma de casco.
Tenía las patas más largas que su predecesor Hyracotherium. Perdió, también con respecto a éste, un dedo, aunque se apoyaba normalmente sobre su dedo medio, a pesar que los otros dos también eran usados. La cabeza de Mesohippus era más grande y larga que la de sus ancestros. Sus ojos eran redondeados y dispuestos más separados a los lados de la cabeza. Los dientes eran igualmente más largos y parecidos a los de los caballos actuales, al igual que su cavidad cerebral. Como la mayoría de los caballos fósiles, Mesohippus era común en Norteamérica.
Algo más tarde, en el Mioceno, al Mesohippus le sucedieron el Hypohippus y el Anchitherium; se cree que ambas especies colonizaron después Eurasia desde América del Norte. Otros descendientes del Mesohippus fueron  el Miohippus y  el Merychippus; este último género desarrolló dientes con coronas muy altas, lo que le permitió, a diferencia del Hyrachotherium, que pastaba hierba, ramonear las hojas y brotes de árboles y arbustos. Entre los descendientes del Merychippus estaba el Hipparion, que durante el Plioceno se desplazó y expandió desde Norteamérica hasta Eurasia, y el Pliohippus (primer antepasado de un solo dedo), antecesor del Pleshippus y de su sucesor, el caballo moderno, es decir, el género Equus, que apareció hace 5 millones de años.
Se cree que durante el Pleistoceno, hace unos 15.000 años, el género Equus extendió su área de distribución desde Norteamérica a Eurasia y África cruzando el puente de Beringia. Hace unos 10.000 años los caballos se extinguieron en Norteamérica, por causas aún desconocidas, quizá por algún cataclismo climático que modificó los ecosistemas americanos. Diversos hallazgos en cuevas de Europa indican que el caballo era un animal muy abundante durante la edad de piedra en dicho continente; se han encontrado suficientes restos de esqueletos de caballos dentro y en los alrededores de estas cuevas como para afirmar que eran consumidos por el ser humano. El número de caballos disminuyó en el neolítico, cuando Europa estaba cubierta por bosques en su mayor parte. Se han encontrado restos de la edad del bronce, embocaduras y piezas de arneses, que demuestran que el caballo ya estaba domesticado en esta época. Esta domesticación siglos más tarde permitió, tras el descubrimiento de América, que los caballos fueran reintroducidos por los conquistadores españoles en el continente que los vio surgir.